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发布时间:2024-04-12 20:10:22| 来源:JN江南官方体育app 作者:JN江南官方

jn江南登录入口基因家族分析加简单实验发表5分+文章思路

产品特点:  本文旨在检查HMGs在GC中的表达水平、突变和临床相关性,为临床决策和风险管理提供足够的科学依据。  利用TCGA数据库表征HMG家族每个基因在癌症和癌旁组织中的mRNA表达水平(图1)。结果表明
基因家族分析加简单实验发表5分+文章思路

产品说明

  本文旨在检查HMGs在GC中的表达水平、突变和临床相关性,为临床决策和风险管理提供足够的科学依据。

  利用TCGA数据库表征HMG家族每个基因在癌症和癌旁组织中的mRNA表达水平(图1)。结果表明,与癌旁组织相比,HMG家族所有成员的mRNA表达在大多数癌症中都较高,但HMGN5在大多数癌症组织中的表达量较低。

  作者使用免疫组化研究了胃癌中HMG的蛋白质水平(从HPA收集的免疫组织化学染色图像)(图3)。除了缺乏HMGN4的信息外,HMGA1,HMGA2,HMGB1,HMGB2,HMGB3,HMGN1,HMGN2和HMGN3的蛋白质水平升高,而HMGN5在GC组织中的蛋白质水平与癌旁组织相似。

  作者进行了qRT-PCR分析以验证HMG家族在胃癌细胞系中的表达(图4)。结果表明,与正常胃上皮细胞(GES-1)相比,GC细胞系(AGS,HGC-2,MGC-1,BGC-2,MKN-3和MKN-27)中HMGA803,HMGA823,HMGB45,HMGB28和HMGB1的表达很高,与先前使用TCGA队列的预测一致。然而,HMGN1和HMGN2在GC细胞系中的mRNA水平都很低,与预测相反。

  鉴于HMGN1和HMGN2的蛋白质水平升高,它们从mRNA到蛋白质的翻译可能会受到一些转录后调节的影响,从而相应地上调它们的表达。HMGN3在AGS,MGC-803和BGC-823细胞中高表达,但其水平在其余细胞中较低。HMGN4的表达谱与HMGN3相似,在MGC-803和BGC-823细胞中的表达升高,其余细胞系的表达量较低,与预测不一致。这表明蛋白质翻译过程中存在调节过程。

  作者评估了差异表达的HMG基因与胃癌患者病理分期之间的关联。使用GEPIA数据库检查肿瘤分期和HMG之间的关系(图5A)。HMG与肿瘤分期之间未观察到显着相关性,表明HMG可能与胃癌的病理分期无关。

  除肿瘤分期外,还使用Kaplan-Meier Plotter来评估HMG对GC预后的影响。如图5B所示,高HMGA1表达组的OS高于低表达组,而HMGA1表达与RFS无显著相关性。HMGB1和HMGN3显示出与HMGA1相同的GC预后趋势。HMGA2低表达组显示出明显更好的OS和RFS。HMGB2高表达组OS高于低表达组,但两组RFS差异无统计学意义。

  与HMGA1类似,高HMGB3和HMGN2表达组的OS和RFS均高于相应的低表达组。相比之下,高HMGN5表达组的OS较差,而HMGN5表达与RFS无显著相关性。HMGN1和HMGN4的表达对GC患者(OS和RFS)的预后没有显著影响。

  作者评估了HMG家族基因作为胃癌生物标志物的能力。如图6A所示,HMGA1的mRNA表达可以将胃癌与正常样本区分开来,ROC曲线时,敏感性和特异性分别为0.844和0.752。HMGA2、HMGB3和HMGN1在区分胃癌和正常组织方面表现出更高的准确性。

  然而,HMGN3和HMGN5在区分胃癌和正常组织方面的预测价值相对较低。ROC曲线),HMGN5的AUC为0.568(灵敏度为0.906,特异性为0.320)。作者还对临床阶段HMG的预测效用进行了ROC曲线B)。因此,HMGA1、HMGA2、HMGB1、HMGB2、HMGB3、HMGN1、HMGN2和HMGN4是胃癌的潜在诊断生物标志物。

  使用cBioPortal数据库以评估HMG的突变谱。22%(99/441)的患者发生遗传改变,HMG亚型中最常见的突变是基因扩增(图7A)。

  作者通过斯皮尔曼相关分析评估了HMG家族之间的关联。如图7B所示,HMGA1与HMGA2、HMGB1、HMGB2、HMGB3、HMGN1、HMGN2、HMGN4之间存在显著的正相关关系。

  使用STRING构建PPI网络来评估差异‍表达HMG基因的潜在相互作用(图7D)。这些差异表达的HMG可能与LY96合作,介导针对细菌脂蛋白和其他微生物细胞壁成分的先天免疫应答。GeneMANIA结果还显示,差异表达的HMG及其相关分子的功能主要与DNA二级结构,染色质结合,DNA构象变化,DNA结合的调节以及参与转录的染色质组织的调节有关(图7E)。‍

  作者研究了HMG家族是否与胃癌中的免疫浸润水平有关(图9)。结果表明,HMGA1的mRNA表达与Th2细胞和NK CD56bright细胞呈正相关,与pDC和肥大细胞呈负相关。HMGA2的mRNA表达与Th2细胞呈正相关,而与TFH和CD8 T细胞呈负相关。HMGB1、HMGB2、HMGN1和HMGN2的免疫浸润水平相似,其mRNA表达与Th2细胞和T辅助细胞呈正相关,而与肥大细胞和pDC呈负相关。综上所述,HMG可能与胃癌中的免疫浸润密切相关。

  在DAVID数据库中分析了HMG和上述相关基因的GO和KEGG富集。BP与DNA构象变化和包装以及染色质组装有关,MF与DNA结合有关。这些表明HMG与细胞周期密切相关。KEGG分析表明,细胞周期是前5个富集途径之一(图11C)。细胞周期蛋白可以通过HMG的作用参与细胞生长,增殖和分化,基因转录和DNA过程。

  作者通过不同的公共数据库和qRT-PCR验证分析了胃癌细胞系中HMG家族的mRNA表达。HMGA1、HMGA2、HMGB1、HMGB2、HMGB3、HMGN1、HMGN2和HMGN4相对于正常胃组织在胃癌组织中表现出高表达。HMGA2和HMGN5高表达的胃癌患者的OS比低表达的患者短,这表明HMGA2和HMGN5作为胃癌的潜在预后预测标志物具有实用性。HMGA2表达高的胃癌患者的RFS比HMGA2表达低的患者短,这表明HMGA2可能是胃癌治疗的潜在靶标。GO和KEGG富集分析表明,HMG在细胞周期信号通路中发挥关键作用。

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